Aturan yang paling penting untuk kombinasi makanan adalah menghindari pencampuran konsentrat makanan protein dan karbohidrat. Walaupun setiap makanan mengandung protein, namun makanan yang dianggap konsentrat protein menuntut waktu pencernaan terpanjang. Makanan ini berada di dalam perut selama beberapa jam sampai cairan lambung selesai melaksanakan tugasnya. Hal ini mungkin berbeda dari 2,5 sampai 6 jam, tergantung pada kompleksitas protein dalam makanan. Jika makanan protein dicampur dengan makanan konsentrat pati atau konsentrat gula, biasanya akan menghasilkan fermentasi. Ini dapat mengakibatkan gangguan pencernaan dan gas dalam perut.
Makanan protein hewani seperti daging, ikan dan keju membutuhkan konsentrat asam hidroklorida yang sangat tinggi. Proses pencernaannya di dalam lambung akan sangat terhambat oleh fermentasi karbohidrat di perut. Ini akan menghasilkan lebih banyak gas dan peningkatan ketidaknyamanan. Oleh karena itu, hendaknya secara khusus hindari makanan daging, kentang dan roti dan permen.
Makanan protein di cerna paling baik bila dimakan dengan salad sayuran segar. Makan berprotein utama seperti kacang, biji-bijian dan juga kedelai sangat baik dikombinasikan dengan buah-buahan yang asam seperti jeruk, nanas, anggur, pir, apel, beri, aprikot, dan buah persik. Sayuran dan buah-buahan ini kaya sumber alami vitamin c yang membantu pencernaan protein.
